При отглеждането на царевица, рапица или добиването на палмово масло се отделят повече парникови газове, отколкото се икономисват за сметка на получените от тези растения биогорива. Заради добиването на биогорива се унищожават тропическите гори, а земите под тях се превръщат в земеделски. При изгарянията на гори в Индонезия се отделя над 400 пъти повече въглероден диоксид, отколкото се намалява при ежегодното използване на произведеното от тази територия палмово масло, пише авторът на материала в „Science“ Джо Фарджионе от екологичната организация „The Nature Conservancy“. Превърнатите в соеви плантации тропични гори на Бразилия отделят 300 пъти повече въглероден диоксид от възможното му съкращаване за сметка на използването на биогориво в течение на 1 година. Носителят на Нобелова награда в областта на химията Пол Крутцен смята, че за климата са безопасни само тези видове биогорива, които са създадени на основата на отпадъци от селското и горско стопанства. Политиците и учените възлагат по-големи надежди на биогоривото от второ поколение, което не вреди на климата. За неговото производство може да се използват всички части на растенията, както и отпадъци от дървопреработването. Първоначално дървесината чрез технологията BtL /Biomass to Liquid/ се превръща в газ, а след това в етанол.